Везде

ОБНБиоорганическая химия Russian Journal of Bioorganic Chemistry

  • ISSN (Print) 0132-3423
  • ISSN (Online) 1998-2860

СПОСОБ ПОВЫШЕНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К КЛЕТОЧНЫМ РЕЦЕПТОРАМ

Вы можете
Код статьи
S19982860S0132342325030081-1
DOI
10.7868/S1998286025030081
Тип публикации
Статья
Статус публикации
Опубликовано
Авторы
Кузнецова В. Е.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Лебедев Т. Д.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Шершов В. Е.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Штылев Г. Ф.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Шишкин И. Ю.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Мифтахов Р. А.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Бутвиловская В. И.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Гречишникова И. В.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Заседателева О. А.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Чудинов А. В.
  • Аффилиация: Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Том/ Выпуск
Том 51 / Номер выпуска 3
Страницы
451-460
Аннотация
Предложен способ повышения эффективности селекции аптамеров к клеточным рецепторам методом cell-Selex, в частности к рецепторной тирозинкиназе с-KIT. Использование Tween 20 в составе буферных растворов в концентрации, не превышающей 0.01%, а также трипсинолиз поверхностных белков на стадии элюции связавшейся с поверхностью клеток комбинаторной библиотеки олигонуклеотидов привело к повышению специфичности аптамеров и уменьшению неспецифической сорбции согласно результатам флуоресцентной микроскопии, термофлуориметрического анализа и высокоточного секвенирования.
Ключевые слова
аптамер cell-SELEX трипсин реакция удлинения праймера c-KIT Tween 20
Дата публикации
07.12.2025
Год выхода
2025
Всего подписок
0
Всего просмотров
3

Библиография

  1. 1. Liu H., Chen X., Focia P., He X. // EMBO J. 2007. V. 26. P. 891-901. https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601545
  2. 2. Camorani S., Crescenzi E., Fedele M., Cerchia L. // Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer. 2018. V. 1869. P. 263-277. https://doi.org/10.1016/j.bbcan.2018.03.003
  3. 3. Рулина А.В., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Усп. биол. химии. 2010. T. 50. C. 349-386.
  4. 4. Bibi S., Langenfeld F., Jeanningros S., Brenet F., Soucie E., Hermine O., Damaj G., Dubreuil P., Arock M. // Immunol. Allergy Clin. North Am. 2014. V. 34. P. 239-262. https://doi.org/10.1016/j.iac.2014.01.009
  5. 5. Kövecsi A., Jung I., Szentirmay Z., Bara T., Bara T., Jr., Popa D., Gurzu S. // Oncotarget. 2017. V. 8. P. 55950- 55957. https://doi.org/10.18632/oncotarget.19116
  6. 6. Sankhala K.K. // Expert Opin. Investig. Drugs. 2017. V. 26. P. 427-443. https://doi.org/10.1080/13543784.2017.1303045
  7. 7. Hicke B.J., Marion C., Chang Y.-F., Gould T., Lynott C.K., Parma D., Schmidt P.G., Warren S. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 48644-48654. https://doi.org/10.1074/jbc.m104651200
  8. 8. Zhang Y., Chen Y., Han D., Ocsoy I., Tan W. // Bioanalysis. 2010. V. 2. P. 907-918. https://doi.org/10.4155/bio.10.46
  9. 9. Wang C., Zhang M., Yang G., Zhang D., Ding H., Wang H., Fan M, Shen B., Shao N. // J. Biotechnol. 2003.V. 102. P. 15-22. https://doi.org/10.1016/s0168-1656 (02)00360-7
  10. 10. Cerhia L., Hamm J., Libri D., Tavitian B., Franciscis B. // FEBS Lett. 2002. V. 528. P. 12-16. https://doi.org/10.1016/s0014-5793 (02)03275-1
  11. 11. Blank M., Weinschenk T., Priemer M., Schluesener H. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 16464-16468. https://doi.org/10.1074/jbc.m100347200
  12. 12. Daniels D.A., Chen H., Hicke B.J., Swiderek K.M., Gold L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 15416-15421. https://doi.org/10.1073/pnas.2136683100
  13. 13. Laos R., Thomson J.M., Benner S.A. // Front. Microbiol. 2014. V. 5. P. 565. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00565
  14. 14. Tuerk C., Gold L. // Science. 1990. V. 249. P. 505-510. https://doi.org/10.1126/SCIENCE.2200121
  15. 15. Ellington A.D., Szostak J.W. // Nature. 1990. V. 346. P. 818-822. https://doi.org/10.1038/346818a0
  16. 16. Zhu G., Zhang H., Jacobson O., Wang Z., Chen H., Yang X., Niu G., Chen X. // Bioconj. Chem. 2017. V. 28. P. 1068-1075. https://doi.org/10.1021/acs.bioconjchem.6b00746
  17. 17. Wang D.L., Songc Y.L., Zhu Z., Li X.L., Zou Y., Yang H.T., Wang J.J., Yao P.S., Pan R.J., Yang C.J., Kang D.Z. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014. V. 453. P. 681-685. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2014.09.023
  18. 18. Hollenstein M. // Molecules. 2012. V. 17. P. 13569- 13591. https://doi.org/10.3390/molecules171113569
  19. 19. Gold L., Ayers D., Bertino J, Bock C., Bock A., Brody E.N., Carter J., Dalby A.B., Eaton B.E., Fitzwater T., Flather D., Forbes A., Foreman T., Fowler C., Gawande B., Goss M., Gunn M., Gupta S., Halladay D., Heil J., Heilig J., Hicke B., Husar G., Janjic N., Jarvis T., Jennings S., Katilius E., Keeney T.R., Kim N., Koch T.H., Kraemer S., Kroiss L., Le N., Levine D., Lindsey W., Lollo B., Mayfield W., Mehan M., Mehler R., Nelson S.K., Nelson M., Nieuwlandt D., Nikrad M., Ochsner U., Ostroff R.M., Otis M., Parker T., Pietrasiewicz S., Resnicow D.I., Rohloff J., Sanders G., Sattin S., Schneider D., Singer B., Stanton M., Sterkel A., Stewart A., Stratford S., Vaught J.D., Vrkljan M., Walker J.J., Watrobka M., Waugh S., Weiss A., Wilcox S.K., Wolfson A., Wolk S.K., Zhang C., Zichi D. // PLoS One. 2010. V. 5. P. e15004. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015004
  20. 20. Sefah K., Shangguan D., Xiong X., O’Donoghue M.B., Tan W. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1169-1185. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.66
  21. 21. Вагапова Э.Р., Лебедев Т.Д., Попенко В.И., Леонова О.Г., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Act. Nat. 2020. Т. 12. C. 51-55. https://doi.org/10.32607/actanaturae.10938
  22. 22. Lebedev T.D., Vagapova E.R., Popenko V.I., Leonova O.G., Spirin P.V., Prassolov V.S. // Front. Oncol. 2019. V. 9. P. 1046. https://doi.org/10.3389/fonc.2019.01046
  23. 23. Meyer S., Maufort J.P., Nie J., Stewart R., McIntosh B.E., Conti L.R., Ahmad K.M., Soh H.T., Thomson J.A. // PLoS One. 2013. V. 8. P. e71798. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0071798
  24. 24. Chudinov A.V., Shershov V.E., Pavlov A.S., Volkova O.S., Kuznetsova V.E., Zasedatelev A.S., Lapa S.A. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 856-858. https://doi.org/10.1134/S1068162020050064
  25. 25. Vasiliskov V.A., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Surzhikov S.A., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Miftahov R.A., Zasedateleva O.A., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Timofeev E.N., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 221-223. https://doi.org/10.1134/s1068162019030063
  26. 26. Chudinov A.V., Kiseleva Y.Y., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Timofeev E.N., Archakov A.I., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelevet A.S. // Mol Biol. 2017. V. 51. P. 474-482. https://doi.org/10.1134/S0026893317030025
  27. 27. Lapa S.A., Pavlov A.S., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Lisitsa A.V., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2019. V. 53. P. 460-469. https://doi.org/10.1134/S0026893319030099
  28. 28. Lyu Y., Chen G., Shangguan D., Zhang L., Wan S., Wu Y., Zhang H., Duan L., Liu C., You M., Wang J., Tan W. // Theranostics. 2016. V. 6. P. 1440-1452. https://doi.org/10.7150/thno.15666
  29. 29. Cerchia L., Duconge F., Pestourie C., Boulay J., Aissouni Y. // PLoS Biol. 2005. V. 3. P. e123. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030123
  30. 30. McKeague M., Derosa M.C. // J. Nucleic Acids. 2012. V. 2012. P. 748913. https://doi.org/10.1155/2012/748913
  31. 31. Ouellet E., Foley J.H., Conway E.M., Haynes C. // Biotechnol. Bioeng. 2015. V. 112. P. 1506-1522. https://doi.org/10.1002/bit.25581
  32. 32. Kissmann A.K., Bolotnikov G., Li R., Müller F., Xing H., Krämer M., Gottschalk K.E., Andersson J., Weil T., Rosenau F. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2024. V. 108. P. 284. https://doi.org/10.1007/s00253-024-13085-7
  33. 33. Zhang H.L., Lv C., Li Z.H., Jiang S., Cai D., Liu S.S., Wang T., Zhang K.H. // Front. Chem. 2023. V. 11. P. 1144347. https://doi.org/10.3389/fchem.2023.1144347
  34. 34. Ouellet E, Lagally E.T., Cheung K.C., Haynes C.A. // Biotechnology. 2014. V. 111. P. 2265-2279. https://doi.org/10.1002/bit.25294
  35. 35. Schutze T., Arndt P., Menger M., Wochner A., Vingron M., Erdmann V., Lehrach H., Kaps Ch., Glokler J. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 38. P. e23. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029604
  36. 36. Pearson K., Doherty C., Zhang D., Becker N.A., Maher L.J. // Anal. Biochem. 2022. V. 650. P. 114712. https://doi.org/10.1016/j.ab.2022.114712
  37. 37. Raber H.F., Kubiczek D.H., Bodenberger N., Kissmann A.K., D’souza D., Xing H., Mayer D., Xu P., Knippschild U., Spellerberg B., Weil T., Rosenau F. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 10425. https://doi.org/10.3390/ijms221910425
  38. 38. Catuogno S., Esposito C.L. // Biomedicines. 2017. V. 5. P. 49. https://doi.org/10.3390/biomedicines5030049
  39. 39. Flanagan Sh.P., Fogel R., Edkins A.L., Ho L., Limson J. // Anal. Methods. 2021. V. 13. P. 1191-1203. https://doi.org/10.1039/d0ay01878c
  40. 40. Shangguan D., Meng L., Cao Z.C., Xiao Z., Fang X., Li Y., Cardona D., Witek R.P., Liu C., Tan W. // Anal. Chem. 2008. V. 80. P. 721-728. https://doi.org/10.1021/ac701962v
  41. 41. Cherney L.T., Obrecht N.M., Krylov S.N. // Anal. Chem. 2013. V. 85. P. 4157-4164. https://doi.org/10.1021/ac400385v
  42. 42. Mayer G., Ahmed M.S., Dolf A. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1993-2004. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.163
  43. 43. Xiong L., Xia M., Wang Q., Meng Z., Zhang J., Yu G., Dong Z., Lu Y., Sun Y. // Biotechnol. Lett. 2022. V. 44. P. 777-786. https://doi.org/10.1007/s10529-022-03252-z
  44. 44. Hua T., Zhang X., Tang B., Chang Ch., Liu G., Feng L., Yu Y., Zhang D., Hou J. // BMC Vet. Res. 2018. V. 14. P. 138. https://doi.org/10.1186/s12917-018-1457-5
  45. 45. Zhang Y., Wu Y., Zheng H., Xi H., Ye T., Chan C.Y., Kwok C.K. // Anal. Chem. 2021. V. 93. P. 5744-5753. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.0c04862
  46. 46. Замай А.С., Замай Г.С., Коловская О.С., Замай Т.Н., Березовский М.В. // Патент RU2518368С1, 2012.
  47. 47. Zhang K., Sefah K., Tang L., Zhao Z., Zhu G., Ye M., Sun W., Goodison S., Tan W. // ChemMedChem. 2012. V. 7. P. 79-84. https://doi.org/10.1002/cmdc.201100457
  48. 48. Gu L., Yan W., Liu S., Ren W., Lyu M., Wang S. // Anal. Biochem. 2018. V. 561-562. P. 89-95. https://doi.org/10.1016/j.ab.2018.09.004
QR
Перевести

Индексирование

Scopus

Scopus

Scopus

Crossref

Scopus

Высшая аттестационная комиссия

При Министерстве образования и науки Российской Федерации

Scopus

Научная электронная библиотека